Φυτοπλαγκτό: Στους σταθμούς παρακολούθησης των λιμνών γίνονται, κατά τη θερμή περίοδο του έτους, μηνιαίες δειγματοληψίες, με λήψη ενιαίου δείγματος νερού από την εύφωτη ζώνη της λίμνης. Στους βαθείς ταμιευτήρες εφαρμόζεται η Μεσογειακή μέθοδος αξιολόγησης «New Mediterranean Assessment System Reservoirs Phytoplankton (NMASRP)» (Tsiaoussi et al. 2016). Στις φυσικές λίμνες εφαρμόζεται η μέθοδος αξιολόγησης HeLPhy (Hellenic Lake Phytoplankton) (Tsiaoussi et al. 1st revision, 2017).

Λοιπή υδατική χλωρίδα: Για τα υδρόβια μακρόφυτα, στις φυσικές λίμνες οι δειγματοληψίες γίνονται με τη μέθοδο των δειγματοληπτικών λωρίδων, έως και το μέγιστο βάθος στο οποίο εμφανίζονται, κατά τη βλαστητική περίοδο (άνοιξη – καλοκαίρι). Ο αριθμός των δειγματοληπτικών λωρίδων καθορίζεται ανάλογα με την επιφάνεια κάθε λίμνης. Εφαρμόζεται η μέθοδος αξιολόγησης HeLM (Hellenic Lake Macrophytes) (Zervas et al. 2018). Για το φυτοβένθος (βενθικά διάτομα) γίνονται δειγματοληψίες σε δύο θέσεις της παρόχθιας ζώνης των λιμνών κατά την άνοιξη και το φθινόπωρο και εφαρμόζεται η μέθοδος αξιολόγησης που περιγράφεται αναλυτικά σε δημοσιευμένη εργασία
(Kelly et al. 2023).

Ζωοβένθος: Σε κατάλληλες θέσεις στην παρόχθια ζώνη φυσικών λιμνών γίνεται με απόχη ημι-ποσοτική τρίλεπτη σάρωση του πυθμένα σε όλα τα πιθανά ενδιαιτήματα. Οι δειγματοληψίες γίνονται την άνοιξη και εφαρμόζεται η μέθοδος αξιολόγησης HeLLBI (Hellenic assessment method for Lake Littoral Benthic Invertebrate fauna)
(Mavromati et al. 2021). Σε κατάλληλες θέσεις στη βαθιά ζώνη φυσικών λιμνών γίνονται δειγματοληψίες υποστρώματος με δειγματολήπτη τύπου αρπάγας, κατά την άνοιξη και το φθινόπωρο. Εφαρμόζεται η μέθοδος αξιολόγησης GLBiI (Greek Lake Benthic invertebrate Index) (Ntislidou et al. 2018).

Ιχθυοπανίδα: Οι δειγματοληψίες ιχθυοπανίδας σε φυσικές λίμνες γίνονται με τη χρήση διχτυών τύπου Nordic κατά το τέλος της θερμής περιόδου. Ο αριθμός των διχτυών καθορίζεται ανάλογα με την επιφάνεια και το βάθος κάθε λίμνης. Εφαρμόζεται η μέθοδος αξιολόγησης GLFI (Greek Lake Fish Index) (Petriki et al. 2017).

Τα αναλυτικά στοιχεία τους περιγράφονται στις εθνικές εκθέσεις που διατίθενται στο WFD CIRCA.

Για την ταξινόμηση της οικολογικής κατάστασης των λιμνών παρακολουθούνται τα γενικά φυσικοχημικά στοιχεία και οι ειδικοί ρύποι και λαμβάνονται υπόψη για την υψηλή και καλή κατάσταση / οικολογικό δυναμικό. Οι δειγματοληψίες γίνονται ταυτόχρονα με τις δειγματοληψίες φυτοπλαγκτού κατά τη θερμή περίοδο και εποχιακώς το υπόλοιπο έτος.

Σε ό,τι αφορά τα γενικά φυσικοχημικά στοιχεία, σε κάθε σταθμό παρακολούθησης, μετρώνται επί τόπου τα εξής: α) η διαφάνεια του νερού, με τη χρήση του δίσκου Secchi, β) η θερμοκρασία και οι συνθήκες οξυγόνωσης, με τη λήψη προφίλ θερμοκρασίας – οξυγόνου [συγκέντρωσης του διαλυμένου στο νερό οξυγόνου (mg/L) και κορεσμού του νερού σε οξυγόνο (%)], έως το βάθος των 30 m, με φορητό όργανο, γ) η ειδική αγωγιμότητα (μS/cm) και τα ολικά διαλυμένα στερεά (ppm), με φορητό όργανο, δ) το pH, με φορητό όργανο.

Στο εργαστήριο, μετά από λήψη δειγμάτων νερού από την εύφωτη ζώνη, προσδιορίζονται οι εξής γενικές φυσικοχημικές παράμετροι: η αλκαλικότητα (σε meq/L) με τιτλοδότηση (ISO 9963-1:1995), ο ολικός φώσφορος (mg/L ή μg/L) με τη μέθοδο του ασκορβικού οξέος (APHA 4500, P-E, 23th edition, 2017), τα ανιόντα F-, Cl-, Br-, NO2-, NO3-, PO43-, SO43- (mg/L) και τα κατιόντα Na+, K+, Mg2+, Ca2+ (mg/L) με τη μέθοδο της ιοντικής χρωματογραφίας (ISO 10304-01:2007 και ISO 14911: 1998, αντίστοιχα), τα αμμωνιακά (mg/L NH4+) και, επιπρόσθετα, τα νιτρικά ιόντα (mg/L NO3-) φασματοφωτομετρικά με τη χρήση έτοιμων φιαλιδίων (LCK 304 και LCK 339, αντίστοιχα), το Βιολογικώς Απαιτούμενο Οξυγόνο (BOD5, mg/L) με χρήση ειδικής συσκευής WTW BOD meter, τα Ολικά Αιωρούμενα Στερεά (Total Suspended Solids, TSS, mg/L) με πρότυπη μέθοδο APHA 2540D. Το Εργαστήριο Ποιότητας Υδάτων του ΕΚΒΥ είναι διαπιστευμένο κατά ΕΛΟΤ ΕΝ ISO IEC 17025:2017 για καθορισμένο πεδίο δραστηριοτήτων.

Σε σχέση με τον ολικό φώσφορο (TP), εφαρμόζονται όρια υψηλής/καλής και καλής/μέτριας ποιότητας σε δύο τύπους φυσικών λιμνών (βαθιές και ρηχές λίμνες) (Kagalou et al. 2021). Τα όρια δίνονται κατωτέρω:

Σε ό,τι αφορά τους ειδικούς ρύπους (π.χ. μέταλλα και ενώσεις τους, μικροοοργανικές ενώσεις), παρακολουθούνται και προσδιορίζονται οι συγκεντρώσεις τους για την ταξινόμηση της οικολογικής κατάστασης των λιμνών. Τα όριά τους καθορίζονται με βάση την εθνική νομοθεσία (Aπόφαση αριθμ. ΗΠ. 51354/2641/Ε103/2010). Οι δειγματοληψίες γίνονται σε εποχιακή βάση.

Για την ταξινόμηση της οικολογικής κατάστασης των λιμνών παρακολουθούνται τα υδρομορφολογικά στοιχεία και λαμβάνονται υπόψη για την υψηλή κατάσταση. Σε ό,τι αφορά το υδρολογικό καθεστώς, μετράται επί τόπου η διακύμανση της στάθμης των λιμνών. Επίσης, υπολογίζονται οι εισροές και εκροές (επιφανειακές και υπόγειες) στις λίμνες καθώς και ο χρόνος παραμονής των υδάτων τους μέσω της ανάπτυξης του υδρολογικού τους ισοζυγίου. Σε ορισμένες φυσικές λίμνες αυτό γίνεται μέσω της ανάπτυξης των υδρολογικών ομοιωμάτων της λεκάνης απορροής τους. Στην περίπτωση μεγάλων τεχνητών υδάτινων σωμάτων (ταμιευτήρων μεγάλων φραγμάτων), οι εισροές και εκροές καθώς και οι καμπύλες στάθμης-όγκου-επιφάνειας διατίθενται από τους αρμόδιους φορείς διαχείρισής τους (ΔΕΗ Α.Ε., ΕΥΔΑΠ. Α.Ε.), από τις οποίες υπολογίζεται ο χρόνος παραμονής των υδάτων τους.

Σε ό,τι αφορά τις μορφολογικές συνθήκες, για την εκτίμηση της διακύμανσης του βάθους των λιμνών, χρησιμοποιούνται τα δεδομένα παρακολούθησης του απόλυτου υψομέτρου της στάθμης τους, σε συνδυασμό με το βαθυμετρικό ανάγλυφο του πυθμένα τους. Στην περίπτωση μεγάλων τεχνητών υδάτινων σωμάτων (ταμιευτήρων μεγάλων φραγμάτων), αντί του βαθυμετρικού αναγλύφου του πυθμένα τους, διατίθενται από τους αρμόδιους φορείς διαχείρισής τους (ΔΕΗ Α.Ε., ΕΥΔΑΠ. Α.Ε.), οι καμπύλες στάθμης-όγκου-επιφάνειας, από τις οποίες προκύπτει η διακύμανση του μέσου βάθους σε αυτά τα υδάτινα σώματα. Σε ορισμένες λίμνες δημιουργείται ψηφιακό ομοίωμα βαθυμετρικού αναγλύφου του πυθμένα της λίμνης και των παρόχθιων περιοχών με δύο μεθόδους: α) για φυσικές λίμνες, με εργασία πεδίου που συνίσταται στη χρήση ηχοβολιστικού οργάνου μέτρησης βάθους, λήψη επιπλέων τοπογραφικών δεδομένων υψομέτρου με GPS υψηλής ακρίβειας, εργασία γραφείου με αξιοποίηση διαθέσιμων τοπογραφικών δεδομένων και χρήση λογισμικού ΓΣΠ β) για τεχνητές λίμνες με αξιοποίηση τοπογραφικών δεδομένων αρχείου που αντιστοιχούν στην περιοχή της λίμνης πριν αυτή σχηματιστεί τεχνητά καθώς και από στοιχεία του τεχνικού έργου που κατασκευάστηκε, με χρήση λογισμικού ΓΣΠ. Από τη διαδικασία αυτή κατασκευάζονται οι καμπύλες στάθμης-όγκου-επιφάνειας για κάθε λίμνη και στη συνέχεια υπολογίζονται μορφομετρικά στοιχεία όπως η επιφάνεια, ο όγκος, το μέσο και το μέγιστο βάθος της.

Σε ό,τι αφορά τη δομή της όχθης των λιμνών, υπολογίζεται το ποσοστό της περιμέτρου που έχει τροποποιηθεί από αναχώματα ή κρηπιδώματα (% artificial shoreline). Για την οριοθέτηση αυτών πραγματοποιείται φωτοερμηνεία και ψηφιοποίηση σε υπόβαθρο υψηλής ανάλυσης (Google hybrid). Υπολογίζονται τα ποσοστά των καλύψεων/χρήσεων γης με βάση το γεωχωρικό αρχείο Corine Landcover (CLC) 2018, σε ζώνες των 50 m και 100 m γύρω από λίμνες. Σε φυσικές λίμνες που περιλαμβάνονται στο δίκτυο Natura 200 και υπάρχει διαθέσιμη χαρτογράφηση των τύπων οικοτόπων κλίμακας 1: 5.000 (ΚΤΗΜΑΤΟΛΟΓΙΟ Α.Ε., 2018), υπολογίστηκε η κάλυψή τους κατά ζώνες προς το εσωτερικό των λιμνών και προς την παρόχθια ζώνη τους. Όλα τα αρχεία που χρησιμοποιήθηκαν και παρήχθησαν για τις χωρικές αναλύσεις είναι ορισμένα στο Ελληνικό Γεωδαιτικό Σύστημα Συντεταγμένων – ΕΓΣΑ ’87.

Τα ανωτέρω, βρίσκονται σε συμφωνία με την εθνική Μεθοδολογία αξιολόγησης Υδρομορφολογικών Αλλοιώσεων.